С 1989 года турбомоторы запретили, и McLaren-Honda снова была сильнее всех: Айртон Сенна выиграл шесть гонок и тринадцать раз стартовал с поула, Ален Прост выиграл четыре, но реже сходил.
Отношения напарников испортились. На Гран-при Японии Сенна атаковал Проста в шикане, и машины столкнулись; Сенна вернулся в гонку и финишировал первым, но его дисквалифицировали, и Прост стал чемпионом в третий раз. Гонку выиграл Алессандро Наннини на Benetton.